Sejak tahun 2013 Aflatoun Indonesia sudah melaksanakan beberapa pelatihan guru atau untuk calon guru mahasiwa/i Universitas Wiraraja Sumenep, termasuk seminar dan talkshow bersama FKIP Universitas Wiraraja untuk pengambangan program Aflatoun dan Aflteen di pulau Madura. Pada bulan Agustus 2015 ditandatangani MoU antara FKIP Universitas Wiraraja dengan Aflatoun Indonesia untuk lebih mempertegas kerjasama ini di masa-masa mendatang. Penandatangan MoU ini disaksikan langsung oleh perwakilan Sekretariat Aflatoun; Brian Lariche dan Wendy Lai selaku manager Asia Pacific Community Invesment Barclay.
